Radicado con sus padres en España en 1783, comenzó su carrera militar en 1789 como integrante del Ejército español que combatió contra los ejércitos revolucionarios franceses en la guerra transcurrida entre 1793 y 1795; y posteriormente contra Inglaterra entre 1796 a 1802. La invasión napoleónica de España determinó que participara en la batalla de Bailén, en que triunfaran las armas españolas, y por cuya actuación fuera ascendido al grado de Teniente Coronel de Caballería.

Producidos los hechos iniciales de la Independencia, de Mayo de 1810 en Buenos Aires, resolvió retornar a América, para lo cual emprendió primero un viaje a Inglaterra. Estando el Londres, conoció a otros hombres que tendrían un gran papel en el proceso independentista americano, entre ellos el venezolano Francisco Miranda, que gestionaba el apoyo británico para sus planes revolucionarios en América. Habiendo sido Miranda un inspirador de la emancipación americana del dominio imperial español, e intervenido en la revolución norteamericana y en la revolución francesa de 1789, su casa de Londres era un centro de reunión de personajes que fueron protagonistas de ese proceso, como el Gral. Simón Bolívar.

San Martín llegó a Buenos Aires el marzo de 1812, e inmediatamente se le asignó la misión de organizar el Regimiento de Granaderos a Caballo, del cual fue designado Jefe, reconociéndosele su grado militar español de Teniente Coronel. Al mando de ese Regimiento, cumpliría San Martín grandes hechos militares en la independencia americana.

El primero de ellos, fue la victoria del combate de San Lorenzo, en las costas del Río Paraná, librado el 3 de febrero de 1813 en las inmediaciones del pueblo de ese nombre, al norte de la ciudad de Rosario. Allí fue derrotada una fuerza de desembarco española.

En 1814, San Martín fue designado Jefe del Ejército del Norte, cuya jurisdicción abarcaba el territorio denominado por entonces del Alto Perú; que había sido comandado por Manuel Belgrado, el que dejó ese mando para cumplir la misión diplomática de lograr el reconocimiento de la independencia de las Provincias Unidas por parte de España e Inglaterra, que eran las grandes potencias de la época, y la creación de una monarquía regida por alguna dinastía europea. Poco después, San Martín fue designado Gobernador de la Provincia de Cuyo, que abarcaba las actuales provincias del norte argentino recostadas a la Cordillera de los Andes.

Instalado en Mendoza, San Martín se abocó entonces a organizar un gran ejército, que luego fue denominado como el Ejército de Los Andes, con el objetivo de eliminar la dominación española en Chile y el Perú. En 1816, el Ejército de Los Andes al mando de San Martín cruzó la Cordillera en el Paso de Uspallata, e invadió Chile, derrotando a las fuerzas españolas en las batallas de Chacabuco, en las sierras de ese nombre, el 12 de febrero de 1817; y de la llanura de Maipú, el 5 de abril de 1818, que consagró la independencia chilena.

En 1820, integradas fuerzas chilenas al Ejército de los Andes, emprendió San Martín la llamada Expedición Libertadora del Perú, de donde desalojaron el gobierno español, ocupando la ciudad de Lima el 28 de julio de 1821. Por entonces, Bolívar había completado la independencia de Venezuela y de Nueva Granada (Colombia), y una fuerza al mando de su lugarteniente el Gral. Antonio J. de Sucre se había dirigido hacia el Ecuador; por lo cual Bolívar solicitó auxilios al Ejército de los Andes. San Martín envió a Sucre una fuerza de 1.500 hombres, lo que permitió obtener la victoria de Pichincha, nombre de un volcán situado en el territorio ecuatoriano, en cuyas laderas el 24 de mayo de 1822 fueron derrotadas las fuerzas españolas consolidando la independencia del Ecuador.

San Martín se encontró con Bolívar en la ciudad puerto ecuatoriana de Guayaquil en una célebre entrevista, transcurrida entre el 26 y el 27 de junio de 1822; de resultas de la cual San Martín dejó a cargo de Bolívar la misión de continuar con la lucha por la independencia del Perú que quedó sellada luego de una compleja campaña militar, en las batallas de Junín el 6 de agosto de 1824, y de Ayacucho el 9 de diciembre de 1824.

Cumplida la campaña de Los Andes, San Martín dejó el Perú en setiembre de 1822, partiendo para Chile, desde donde volvió a cruzar la Cordillera hacia Mendoza, para llegar a Buenos Aires en noviembre de 1823. En febrero de 1824 retornó a Europa, llevando consigo a su hija Mercedes que por entonces contaba 5 años de edad. Cuando en 1829 retornó a Buenos Aires, la encontró sumida en graves contiendas civiles, por lo cual, luego de permanecer sin desembarcar durante 4 días, decidió ir a Montevideo donde permaneció durante dos meses. Finalmente, resolvió retornar a Europa, y se radicó en la localidad francesa de Boulogne-sur-Mer, donde falleció el 17 de agosto de 1850.