Fué creado por decisión del Cabildo Gobernador de Montevideo, el 27 de enero de 1816, la cual por aprobada por el Gral. Artigas el 3 de febrero del mismo año.

La ciudad capital del Departamento, del mismo nombre, fue fundada en 1690 por el expedicionario portugués Manuel de Lobo, como un acto de ocupación territorial en la disputa entre España y Portugal sobre la demarcación de sus territorios en la zona del Río de la Plata.

Con ello se originó un gran conflicto diplomático entre ambas naciones europeas, que se prolongó durante más de un siglo, entre 1680 y 1777, al cabo del cual fue reconocida la jurisdicción española.

Como consecuencia del extenso dominio portugués, la ciudad de Colonia ostenta todavía algunos vestigios de construcciones militares y civiles de ese origen.

Una zona antigua de la ciudad, que conserva parte de la muralla colonial y algunas casas que han sido cuidadosamente reconstruídas en su estilo original, así como sus calles y ornamentaciones urbanas, conforman un hermoso lugar que es frecuentado por numerosos turistas tanto uruguayos como argentinos, dado que se encuentra situada sobre el Río de la Plata justo frente a Buenos Aires, cuyas luces nocturnas son claramente visibles desde ella.